1854年（安政元）の開国により長い鎖国は終わりを告げ、長崎や横浜などの居留地には、キリスト教会が建てられていった。カトリックでは、65年（慶応元）フランスの神父ベルナール・プティジャン（Bernard-Thade Petitjean　1829～84　プチジャン神父）によって、長崎に大浦天主堂が建立されたが、同年3月17日、これまで潜伏していた浦上の隠れキリシタン（→「キリシタン禁教令」）が、礼拝のためここに姿を現した。これを「キリシタンの復活」（教会側からは「キリシタンの発見」）と呼ぶ。しかし、2年後の67年（慶応3）、信徒の存在が公になると、「浦上四番崩れ」と呼ばれるキリシタン大検挙事件が起こった。同年江戸幕府は倒れるが、これに代わった明治政府もキリシタン禁教令を踏襲。浦上村は一村3394人全員が流刑に処せられ、改宗を迫る激しい拷問を受けた。これを知った欧米の外交団から強い抗議を受け、明治政府は73年（明治6）に切支丹邪宗門禁制の高札を撤廃。およそ280年の時を経て、キリスト教は禁を解かれた。一方ロシア正教会やプロテスタント諸派も、開国にともない伝道を始めていた。例えばロシア正教会の修道士（80年に主教）ニコライ・カサートキン（1836～1912　ニコライ主教）は、1861年（文久元）に箱館（函館）のロシア領事館司祭として赴任。72年（明治5）には東京に進出して、84年（明治17）から日本ハリストス正教会東京復活大聖堂（ニコライ堂）の建設を始めた（91年完成）。また、安中藩（群馬県）の江戸詰藩士の長男だった新島襄（1843～90）は、64年（元治元）ニコライの支援を受けて箱館（函館）からアメリカに密航。当地でピューリタンの洗礼を受け、神学を学んだ。75年（明治8）に帰国すると、京都に同志社英学校（のちの同志社大学）を設立。ここに小崎弘道や海老名弾正、宮川経輝ら、熊本バンドと呼ばれるプロテスタント信者団の青年たちが入学し、やがて日本のプロテスタント指導者になっていった。