旗艦は司令官が乗っている軍艦のことで、艦隊の指揮をとる船。マストに司令官を示す旗を掲げているのでこうよばれる。旗艦店という場合は、フルラインをそろえて、内装、外観にもこだわったその店やブランドを代表するショップを指す。「エルメス銀座店」のように、日本の大きな市場規模をにらみ、本店にはないモダンさを打ち出したりと、イメージ戦略の一環としても重要視されている。最近では、大型店舗の出店が相次いでいるため、旗艦店という使い方から、大型店舗を横並びにグローバルストアというよび方をする「ルイ・ヴィトン」のような例もある。