戦前の近衛新体制のとき、次官会議を設け、閣議の議題をあらかじめ決めることにし、全会一致制をとった。これは、関係府省が一致したものしか閣議に上らない仕組みで、縦割り行政の源となった。現行の縦割り行政は、内閣法と国家行政組織法によって国の事務が各大臣によって分担管理されていることに基づき、さらに各府省設置法で具体的に規定されている。この分業システム自体が悪いとはいえないが、問題はそこから出てくる縄張り争いや施策の総合性の欠如などの弊害である。