地方分権改革によって設置された国と自治体の紛争処理にあたる常設の第三者機関（地自法250条の7以下）。総務大臣が国会の同意を得て任命する5人の委員で構成されている。任務は、国の違法・不当な関与を自治体からの申し出に基づいて審査し、関係機関に勧告する。第1号の係争処理は、横浜市の場外馬券売り場への法定外普通税課税に対する総務大臣の不同意処分をめぐって行われた。都道府県と市町村、市町村同士の紛争については、自治紛争処理委員の制度がある（地自法251条以下）。