総務省は、「消えた年金」「宙に浮いた年金」などの年金記録問題発生の経緯、原因や責任の所在等について調査・検証を行うため、2007年6月14日に行政評価・監視機能の一環として、7人の有識者からなる年金記録問題検証委員会を設置した。同10月31日に報告書を出し、年金記録問題発生の要因として、厚生労働省及び社会保険庁の基本姿勢、認識不足、さらに「裁定時に記録が統合できればよい」といういわゆる裁定時主義を根本的問題とし、システム上、組織上の問題を指摘している。