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学名は〔Mus musculus〕。Musは、「ネズミ」を意味するラテン語murisに由来。英語のmouseの語源もこれである。ちなみにRattus（英語でいうラット）は大型のネズミを指す。musculusは「小さなネズミ」の意。和名「ネズミ」の由来は、「根」すなわち暗い場所に棲むから、という説や「人が寝てから盗む」から、など諸説ある。
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