日本列島中央部の縄紋時代から古代にかけての長い時代を南西諸島では貝塚時代と呼び、このことは南西諸島において海での活動が重要であったことを示している。特にサンゴ礁に豊富に生息する大型貝類の加工品は南西諸島の重要な特産品であった。その文化内容は、貝塚時代早期～中期は日本列島中央部の縄紋時代とほぼ等しい。そのほか洞窟住居、縦穴住居、土坑墓などが知られる。