復旧・復興事業を進めるに当たって、ハードな災害復旧事業（建設事業）については、各省の縦割りを廃し、「使い勝手の良い」補助金を一括交付金としてまとめることが検討され、2011年度第3次補正予算から始まった。一括交付金については既に「地域自主戦略交付金」があるが、被災地の復旧・復興事業の財政支援策として別立てである。国土交通省、文部科学省、農林水産省など5省40事業をまとめる。12年度予算案では、東日本大震災復旧・復興事業分の国庫支出金1兆772億円のうち、2842億円がこの復興交付金である。