小渕内閣以降の自民党と公明党の連立政権における政府と与党を結ぶ意思決定機関で、メンバーは、政府側から首相や内閣官房長官ら主要閣僚が、連立与党側からは、党首、幹事長、国会対策委員長らが出席し、毎月第2月曜日に開催された。政府・与党協議会は、与党の幹事長や内閣官房長官らで構成され（座長は自民党幹事長）、毎月第4月曜日に開催された。この協議会のもとに与党政策責任者会議と与党国会対策委員長会議が置かれ、前者は必要に応じて随時開催され、その下に少子化対策などのプロジェクトチーム（PT）が作られた。また、後者は毎週月曜日に開かれた。これとは別に、個別政策に関して随時開かれる政府・与党協議会のほか、重要政策について自公両党だけの与党協議会があった。民主党政権における政府と与党の連絡は、鳩山内閣・菅内閣では政府・民主党首脳会議でなされていたが、野田内閣では政府・民主三役会議でなされた。2012年の自民党と公明党の連立政権である安倍晋三内閣では再び以前の方式に復活した。