2009年の鳩山由紀夫内閣の誕生に伴い事務次官等会議は廃止されたが、菅直人内閣になり10年12月に政務三役会議に事務次官の陪席を要請、11年3月には官邸に事務次官を集めた「各府省連絡会議」を設置。野田佳彦内閣になり、11年9月には同会議を金曜日に定例化した。司会は内閣官房副長官。情報共有と意思疎通を図るためとされるが、事務次官中心の会議が復活した。12年12月26日に発足した自公政権の第2次安倍晋三内閣も、「各府省連絡会議」を継承し、閣議決定後の政策実行を徹底するとした。